Chování inkluze anthracenu (ANT) ve třech cyklodextrinech (betacyklodextrin, hydroxypropyl betacyclodextrin aSulfobutylbetacyklodextrin) byl zkoumán simulacemi molekulární dynamiky (MD). Výsledky MD ukázaly, že ANT může spontánně vstoupit do dutin těchto tří cyklodextrinů. Rozdíl je v tom, že když je zabalen s sulbutylbetacyclodextrinem, může ANT vstoupit pouze do dutiny přes široký okraj sulbutylbetacyklodextrinu. Poté byly účinky 2- hydroxypropyl (HP) a sulfonovaných butylových (SBE) substituentů na struktuře cyklodextrinů studovány analýzou strukturálního zkreslení glukózových jednotek každého cyklodextrinu.
Bylo zjištěno, že neutrální betacyklodextriny vykazovaly kónickou strukturu a strukturu značně ovlivnila přítomnost skupin HP nebo SBE. Sekundární hrana se zužuje v důsledku převrácení glukózové jednotky způsobené fluktuací substituentní skupiny. Když byl ANT zahrnut do dutiny, byla dutinová konformace tří cyklodextrinů do jisté míry obnovena. Současně se substituentní skupina rozprostírá podél osy dutiny a interaguje s molekulou hosty.
Analýzou interakce mezi každým cyklodextrinem a ANT bylo zjištěno, že substituční skupiny rozšířily objem hydrofobní dutiny. K interakci s molekulou hosty přispívají jak skupiny substituentu, tak i glukózové jednotky. Konformační změny v kruhu cyklodextrinu vedou ke kontrakci dutiny, což může umožnit pevně vázat na molekuly mravence.
